അഭയ കൊലക്കേസിൽ രണ്ട് പ്രതികളും കുറ്റക്കാരെന്ന് കോടതിഒന്നാം പ്രതിഫാദർ തോമസ് കോട്ടൂർ, മൂന്നാം പ്രതി സെഫി എന്നിവരാണ് കുറ്റക്കാർ. രണ്ടുപേർക്കും എതിരെ കൊലക്കുറ്റം കോടതി കണ്ടെത്തി. തിരുവനന്തപുരം പ്രത്യേക സിബിഐ കോടതിയാണ് വിധി പറഞ്ഞത്. പ്രതികള്ക്കുള്ള ശിക്ഷ നാളെ വിധിക്കും. ജഡ്ജി കെ. സനല്കുമാറാണ് വിധി പ്രസ്താവിച്ചത്. കൊലപാതകം നടന്ന് 28 വർഷത്തിന് ശേഷമാണ് കേസിൽ വിധി വരുന്നത്. 49 സാക്ഷികളെയാണ്കോടതി വിസ്തരിച്ചത്. സാക്ഷിമൊഴികൾ കേസിൽ നിർണ്ണായകമായി
1992 മാർച്ച് 27നാണ് കോട്ടയം ബി.സി.എം കോളേജിലെ രണ്ടാം വര്ഷ പ്രീ ഡിഗ്രി വിദ്യാര്ത്ഥിനിയായ സിസ്റ്റര് അഭയയെ പയസ് ടെന്ത് കോണ്വെന്റിലെ കിണറ്റില് മരിച്ച നിലയില് കണ്ടെത്തിയത്. ലോക്കല് പൊലീസ് 17 ദിവസവും ക്രൈംബ്രാഞ്ച് ഒമ്പതര മാസവും കേസ് അന്വേഷിച്ചെങ്കിലും ആത്മഹത്യയാണെന്നായിരുന്നു നിഗമനം. ക്രൈം ബ്രാഞ്ച് റിപ്പോർട്ട് ചോദ്യം ചെയ്ത് അഭയ ആക്ഷൻ കൗൺസിൽ നല്കിയ ഹര്ജി പരിഗണിച്ച് ഹൈക്കോടതി സി.ബി.ഐ അന്വേഷണത്തിന് ഉത്തരവിട്ടു. ആത്മഹത്യയാണെന്ന ക്രൈം ബ്രാഞ്ചിന്റെ വാദം ശരിയല്ലെന്നു സി.ബി.ഐ കണ്ടെത്തിയെങ്കിലും ലോക്കല് പൊലീസും ക്രൈംബ്രാഞ്ചും തെളിവുകള് നശിപ്പിച്ചതിനാല് പ്രതികളെ കണ്ടെത്താന് കഴിഞ്ഞില്ലെന്ന് കോടതിയെ അറിയിച്ചു. ആത്മഹത്യയാണെന്ന റിപ്പോര്ട്ട് എഴുതണമെന്ന് സി.ബി.ഐ എസ്.പി വി ത്യാഗരാജന് ആവശ്യപ്പെട്ടുവെന്ന അന്വേഷണ ഉദ്യോഗസ്ഥനായ വര്ഗ്ഗീസ് പി തോമസിന്റെ വെളിപ്പെടുത്തല് വലിയ വിവാദങ്ങള്ക്ക് വഴിവെച്ചു.
പ്രതികളെ കണ്ടെത്താന് കഴിയാത്തത് കൊണ്ട് കേസ് അവസാനിപ്പിക്കണമെന്ന സിബിഐയുടെ അപേക്ഷ എറണാകുളം സിജെഎം കോടതി 1996 ഡിസംബര് ആറിന് തള്ളി തുടരന്വേഷണത്തിന് ഉത്തരവിട്ടു. രണ്ട് വര്ഷത്തെ അന്വേഷണത്തിന് ഒടുവില് പ്രതികളെ കണ്ടെത്താന് കഴിഞ്ഞില്ലെന്ന് വ്യക്തമാക്കി സിബിഐ 1999 ജൂലൈ 12 നും 2005 ആഗസ്റ്റ് 30 നും സിബിഐ റിപ്പോര്ട്ട് നല്കി. എന്നാല് മൂന്ന് തവണയും കോടതി തുടരന്വേഷണത്തിന് ഉത്തരവിട്ടു. ഒടുവില് ഹൈക്കോടതി ഉത്തരവ് പ്രകാരം സി.ബി.ഐ കേരള ഘടകം കേസ് ഏറ്റെടുത്തതോടെ വഴിത്തിരിവായി. അഭയ കൊല്ലപ്പെട്ട് 16 വര്ഷത്തിന് ശേഷം 2008 നവംബര് 18ന് ഫാദര് തോമസ് കോട്ടൂര്, ജോസ് പുതൃക്കയില്, സിസ്റ്റര് സെഫി എന്നിവരെ ഡി.വൈ.എസ്.പി നന്ദകുമാര് നായരുടെ നേതൃത്വത്തിലുള്ള സംഘം അറസ്റ്റ് ചെയ്തു.
പ്രതികളുടെ അവിഹിതം കണ്ടതിനെ തുടർന്ന് കൈക്കോടാലിയുടെ പിടികൊണ്ട് അഭയയുടെ നെറുകയിൽ മാരകമായി മർദ്ദിച്ചശേഷം അബോധാവസ്ഥയിലായപ്പോൾ മരിച്ചെന്ന് കരുതി കിണറ്റിൽ ഉപേക്ഷിച്ചുവെന്നായിരുന്നു കേസ്. കേസിലെ ഒന്നാം പ്രതിയായ തോമസ് കോട്ടൂരാണ് അഭയയെ കൊല്ലാൻ മുഖ്യ പങ്ക് വഹിച്ചതെന്നായിരിന്നു സി.ബി.ഐ കണ്ടെത്തല്. സിസ്റ്റർ അഭയയെ തലയ്ക്ക് ആദ്യം അടിക്കുന്നത് കോട്ടൂരാണെന്നാണ് സിബിഐ കുറ്റപത്രത്തില് പറയുന്നത്. കോട്ടൂർ അഭയയുടെ തലയ്ക്കടിച്ചപ്പോൾ, രണ്ടാം പ്രതിയായിരുന്ന പൂത്തൃക്കയിലിനോടൊപ്പം കുറ്റകൃത്യത്തിന് പ്രേരണ നൽകിയെന്ന് സിസ്റ്റര് സെഫിക്കെതിരായ കണ്ടെത്തല്. ജോസ് പുതൃക്കയിലെ കോടതി പിന്നീട് പ്രതിപ്പട്ടികയില് നിന്ന് ഒഴിവാക്കിയിരിന്നു.