ജി.എസ്.ടി നിലവില് വന്നെങ്കിലും വാറ്റ് കുടിശികയും പിഴയും നികുതി വകുപ്പിന് ഈടാക്കാമെന്ന് ഹൈക്കോടതി. ചരക്ക് സേവന നികുതി നിലവിൽ വന്നതോടെ വാറ്റ് കാലഹരണപ്പെട്ടുവെന്നും അത് പ്രകാരമുള്ള നികുതികൾ ഈടാക്കുന്നത് നിയമവിരുദ്ധമാണെന്നും ചൂണ്ടിക്കാട്ടിയുള്ള 3250 ഓളം ഹർജികള് ഹൈക്കോടതി തള്ളി. ഇതോടെ ഹരജിക്കാരോട് മാത്രമായി 1800 കോടി രൂപയുടെ നികുതി വരുമാനമാണ് സംസ്ഥാന സർക്കാരിന് ലഭിക്കുക.
ജി.എസ്.ടി നിലവിൽ വന്നെങ്കിലും മൂല്യവർധിത നികുതി ചട്ടപ്രകാരമുള്ള മുൻകാല കുടിശികകൾ പിരിക്കാൻ നികുതി വകുപ്പിന് അധികാരമുണ്ടെന്ന് വ്യക്തമാക്കിയാണ് ഹൈക്കോടതി ഹർജി തള്ളിയത്. കേരള മൂല്യ വർധിത നികുതി നിയമ പ്രകാരം 2011 -12 വർഷം മുതൽ ലഭിക്കേണ്ട നികുതി കുടിശികയും പിഴയും ഈടാക്കുന്നതിനെതിരെയാണ് വ്യാപാര സ്ഥാപനങ്ങൾ ഹർജി നൽകിയിരുന്നത്.
ഭരണഘടനാ ഭേദഗതിയിലൂടെ ഏകീകൃത നികുതി സമ്പ്രദായമെന്ന നിലയിലാണ് ജി.എസ്.ടി നടപ്പാക്കിയത്. സാധനങ്ങളേയും സേവനങ്ങളേയും ബാധിക്കുന്ന നിലവിലുള്ള ഏതെങ്കിലും സംസ്ഥാന നിയമം ഭരണഘടനാ ഭേദഗതിയിലൂടെയുണ്ടാക്കിയ നിയമവുമായി ഒത്തു പോകാത്തതുണ്ടെങ്കിൽ അത്തരം കാര്യങ്ങളിൽ വ്യക്തത വരുത്താനായി ഒരു വർഷം അനുവദിച്ചിരുന്നു. ഒരു വർഷമെന്ന സമയ പരിധി അവസാനിച്ച സാഹചര്യത്തിൽ ഇല്ലാത്ത നിയമത്തിന്റെ പേരിൽ നികുതി പിരിവ് അനുവദനീയമല്ലെന്നായിരുന്നു ഹരജിക്കാരായ സ്ഥാപനയുടമകളുടെ വാദം.
2017 ജൂലൈ ഒന്ന് മുതൽ ഭരണഘടനാപരമായി സേവന നികുതി ഇല്ലാതായി. അതിനാൽ, സേവന നികുതിയും ലെവിയും ആവശ്യപ്പെടുന്ന ഉത്തരവുകൾക്ക് സാധുതയില്ലെന്ന് ഇവർ ചൂണ്ടിക്കാട്ടി. എന്നാല് ജി.എസ്.ടി നിലവിൽ വന്നു എന്നതുകൊണ്ട് വാറ്റ് നിലവിലുണ്ടായിരുന്ന കാലത്ത് നൽകാൻ ബാധ്യതയുള്ള നികുതി കുടിശികയിൽ നിന്ന് ആരും ഒഴിവാകുന്നില്ലെന്നാണ് നികുതി അധികൃതരുടെ വാദം. നിയമ നടപടി ക്രമങ്ങൾ പൂർത്തിയാക്കിയാണ് നടപടി ആവശ്യപ്പെട്ട് നോട്ടീസ് അയച്ചിട്ടുള്ളത്. ആ തുക അടക്കാൻ ബാധ്യസ്ഥരുമാണെന്ന് നികുതി വകുപ്പും കോടതിയെ അറിയിച്ചു. ഈ വാദം അംഗീകരിച്ച കോടതി ഹരജികള് തള്ളുകയായിരുന്നു.