ക്ഷേത്രം കടുത്ത സാമ്പത്തിക പ്രതിസന്ധിയിലാണ്. ക്ഷേത്രത്തിന്റെ ദൈനംദിന ചെലവുകള്‍ കൂടി വഹിക്കാനാണ് ട്രസ്റ്റ് രൂപീകരിച്ചത്. ചില ക്ഷേത്ര സ്വത്തുക്കള്‍ ട്രസ്റ്റിന്റെ കൈവശമാണ്. അതിനാല്‍ ട്രസ്റ്റിനെ ഓഡിറ്റിംഗില്‍ നിന്ന് ഒഴിവാക്കാനാകില്ല. ക്ഷേത്രത്തിന്റെ ദൈനംദിന ചെലവുകള്‍ വഹിക്കാന്‍ ട്രസ്റ്റിന് നിര്‍ദേശം നല്‍കണമെന്നും ഭരണസമിതി സുപ്രിംകോടതിയോട് ആവശ്യപ്പെട്ടു.

ട്രസ്റ്റിലും ഓഡിറ്റ് നടത്തണമെന്നത് അടക്കം അമിക്കസ് ക്യൂറി ഗോപാല്‍ സുബ്രഹ്‌മണ്യം നല്‍കിയ ശുപാര്‍ശയെ തുടര്‍ന്നാണ് സുപ്രിംകോടതി 25 വര്‍ഷത്തെ പ്രത്യേക ഓഡിറ്റിന് ഉത്തരവിട്ടതെന്നും ഭരണസമിതി വാദിച്ചു. എന്നാല്‍, ക്ഷേത്രത്തില്‍ നിന്ന് വിഭിന്നമായി സ്വതന്ത്ര സ്വഭാവമുണ്ടെന്നും, ഭരണസമിതിയുടെ കീഴിലല്ലെന്നും ശ്രീ പത്മനാഭസ്വാമി ക്ഷേത്രം ട്രസ്റ്റ് കോടതിയെ അറിയിച്ചു. വാദമുഖങ്ങള്‍ പൂര്‍ത്തിയായതിനെ തുടര്‍ന്ന് ട്രസ്റ്റിന്റെ അപേക്ഷയില്‍ ഉത്തരവ് പറയാനായി ജസ്റ്റിസ് യു.യു. ലളിത് അധ്യക്ഷനായ ബെഞ്ച് മാറ്റി.