ലക്ഷദ്വീപുമായുള്ള വ്യാപാര ബന്ധത്തെ ആശ്രയിച്ച് പ്രവര്‍ത്തിക്കുന്ന ബേപ്പൂര്‍ തുറമുഖത്തിനേറ്റ വലിയ തിരിച്ചടിയാണ് ദ്വീപിലേക്ക് ചരക്കു കപ്പലുകള്‍ ബേപ്പൂരില്‍ നിന്ന് മാറ്റിയത്. ദ്വീപ് ഭരണകൂടത്തിന്‍റെ താത്പര്യ പ്രകാരം നടന്ന മംഗലാപുരം ന്യൂ പോര്‍ട്ടിലേക്കുള്ള തുറമുഖ മാറ്റത്തിന് പിന്നിലും സംസ്ഥാന സര്‍ക്കാറിന്‍റെ വീഴ്ചയുണ്ടെന്നാണ് ആരോപണം. ബേപ്പൂര്‍ തുറമുഖത്തെ നിലവിലെ വാര്‍ഫിന്‍റെ നീളം 310 മീറ്ററില്‍ നിന്ന് 410 മീറ്ററാക്കണമെന്നാണ് ലക്ഷദ്വീപ് ഭരണകൂടം നിരന്തരമായി ആവശ്യപ്പെട്ടിരുന്നത്. തുറമുഖത്ത് ആഴം കൂട്ടണമെന്ന അടിസ്ഥാന ആവശ്യവും നിറവേറിയില്ല. വാര്‍ഫ് നിര്‍മ്മാണത്തിനായി 2010 നവംബറില്‍ സംസ്ഥാന സര്‍ക്കാരും ലക്ഷദ്വീപ് സര്‍ക്കാറും തമ്മില്‍ ധാരണാ പത്രത്തില്‍ ഒപ്പുവെച്ചിരുന്നെങ്കിലും പിന്നീട് കാര്യമായൊന്നും നടന്നില്ല.