കേസിലെ 19 പ്രതികളിൽ മൂന്നു പേര്‍ നേരത്തെ മരിച്ചിരുന്നു. മലങ്കര ഓര്‍ത്തഡോക്‌സ് സുറിയാനി സഭയുടെ മാനേജിങ് കമ്മിറ്റി അംഗം പെരുമ്പാവൂർ സ്വദേശി ടി.എം വര്‍ഗീസ് ( മലങ്കര വര്‍ഗീസ് ) 2002 ഡിസംബര്‍ അഞ്ചിനാണ് കൊല്ലപ്പെട്ടത്.
സഭാ തര്‍ക്കമാണ് കൊലപാതകത്തിന് കാരണമെന്ന് സിബിഐ ആരോപിച്ചിരുന്നു.

മലങ്കര വർഗീസ് വധക്കേസിൽ അഞ്ച് വര്‍ഷം ക്രൈംബ്രാഞ്ച് അന്വേഷണം നടത്തിയെങ്കിലും ഒന്നും കണ്ടെത്താനായിരുന്നില്ല. സിബിഐ മലങ്കര യാക്കോബായ സുറിയാനി ഓര്‍ത്തഡോക്‌സ് സഭയിലെ വൈദികൻ ഫാദര്‍ വര്‍ഗീസ് തെക്കേക്കരക്കെതിരെ 2010 മെയ് ഒൻപതിന് കുറ്റം ചുമത്തിയിരുന്നു.

2007 നവംബറിലാണ് സിബിഐ അന്വേഷണത്തിന് ഉത്തരവിട്ടത്. മലങ്കര ഓര്‍ത്തഡോക്‌സ് സഭയ്ക്കിടയിലുള്ള തർക്കമാണ് കൊലപാതകത്തിന് പിന്നിലെന്നാണ് സിബിഐയുടെ കുറ്റപത്രത്തിൽ പറഞ്ഞിരുന്നത്. രണ്ടാം പ്രതിയായ ജോയ് വര്‍ഗീസിനെ ( സിമന്റ് ജോയ്) സിബിഐ അറസ്റ്റ് ചെയ്തപ്പോള്‍ കൊലപാതകം നടത്തിയ ഗുണ്ടകളെ പണം കൊടുത്ത് വാടകയ്‌ക്കെടുത്തിരുന്നതായി ഇയാള്‍ വെളിപ്പെടുത്തിയിരുന്നു.

എറണാകുളം ചീഫ് ജുഡീഷ്യല്‍ മജിസ്ട്രേറ്റ് കോടതി 2011 ഫെബ്രുവരി 25 നാണ് മലങ്കര വര്‍ഗീസിന്റെ കൊലപാതകം പുനരന്വേഷിക്കാന്‍ സിബിഐക്ക് നിര്‍ദ്ദേശം നല്‍കിയത്. അദ്ദേഹത്തിന്റെ ഭാര്യ സാറാമ്മ വര്‍ഗീസ് നല്‍കിയ ഹര്‍ജിയെ തുടർന്നാണ് കൊലപാതകം പുനരന്വേഷിച്ചത്.